All’ interno della cantoria di destra (del presbiterio) e' sistemato l’imponente organo: realizzato, con ogni probabilitŕ, all’ inizio del XVIII secolo, lo strumento fu collocato, tra il 1721 e il 1723 sulla porta centrale d’ingresso della chiesa e solo successivamente venne trasportato nel posto attuale – forse durante la ristrutturazione integrale dell’edificio, condotta tra il 1863 e il 1867 – come suggerisce il Matteocci.

 Assai restaurato gia' nel 1882 da Morettini, l’organo e' stato recentemente sottoposto ad un accurato intervento di pulitura, teso al ripristino delle sue originarie qualitŕ musicali. (Ricardo De Mambro Santos, Santa Lucia del Gonfalone, Palombi, 2001 pag.86).

L’ organaro Carlo Soracco, che ha curato nel 1992 la pulitura e la messa a punto dell’organo, sostiene che lo strumento e' integralmente opera di Nicola Morettini. Non vi sono tracce, a suo parere, che possano far datare lo strumento, o parte di esso, a periodi antecedenti al 1882. Tutti gli elementi interni sono coevi e inuludibilmente della bottega dei famosi organari umbri.